La tutela delle acque dall'inquinamento, il miglioramento delle condizioni degli ecosistemi acquatici, accanto alla promozione di usi sostenibili delle risorse idriche, sono tra le finalità strategiche alle quali si ispirano i compiti istituzionali di monitoraggio e di controllo assegnati ad Arpac.
Fin dall'avvio, l'Agenzia ha implementato, ai sensi della Direttiva 2000/60/CE, le reti di monitoraggio delle acque sotterranee, delle acque marino-costiere, dei fiumi, dei laghi e delle lagune salmastre della Campania. La pianificazione delle attività di monitoraggio, in coerenza con la normativa e gli indirizzi dei Piani regionali di settore, è curata dalla Direzione tecnica, mentre le articolazioni territoriali dell'Agenzia, Servizi territoriali e Dipartimenti tecnici provinciali, si occupano rispettivamente delle attività di campionamento e di analisi.
I Servizi territoriali e i Dipartimenti tecnici provinciali curano anche le attività di ispezione, vigilanza e controllo sugli scarichi dei reflui civili ed industriali che recapitano nei corpi idrici e nel sistema fognario-depurativo.


A supporto delle Aziende sanitarie locali, Arpac effettua, inoltre, i controlli sulle acque di balneazione e sulle acque potabili.