Le competenze in materia di protezione ambientale furono affidate al Servizio Sanitario Nazionale nel 1978 dalla Legge n.833. Spettava alle Unità Sanitarie Locali la gestione delle attività tecnico-scientifiche di controllo sull'inquinamento.

Il referendum abrogativo proposto  nell'aprile del 1993 sottraeva al Servizio Sanitario Nazionale tali competenze.

Il vuoto di competenze determinato dal referendum veniva colmato dal legislatore con il decreto legge 496/1993 convertito poi nella Legge 61/1994. Tale legge istituiva l'Agenzia Nazionale per la Protezione dell'Ambiente (ANPA, poi Agenzia per la protezione dell'ambiente e per i servizi tecnici, oggi confluita nell'Istituto Superiore per la Protezione e la Ricerca Ambientale, ISPRA) alla quale affidava, tra l'altro, le attività di indirizzo e di coordinamento delle Agenzie Regionali e delle Province autonome per la Protezione dell'Ambiente (ARPA/APPA). L'istituzione delle Agenzie per la protezione dell'ambiente si collega, dal punto di vista sostanziale, alla esigenza di organizzare in modo autonomo ed efficiente la conoscenza dello stato dell'ambiente e le conseguenti attività di tutela dello stesso, dal punto di vista organizzativo al cosiddetto fenomeno di agencification al quale ci si riferisce in relazione allo sviluppo del modello amministrativo delle Agenzie a livello europeo (tra cui l'Agenzia Europea per l'Ambiente).

L'Istituto superiore per la protezione e la ricerca ambientale è stato istituito con la legge 133/2008 di conversione, con modificazioni, del Decreto Legge 25 giugno 2008, n. 112. Svolge le funzioni, con le inerenti risorse finanziarie, strumentali e di personale, dell'Agenzia per la protezione dell'ambiente e per i servizi tecnici (APAT) di cui all' articolo 38 del Decreto Legislativo n. 300 del 30 luglio 1999 e successive modificazioni, dell'Istituto Nazionale per la Fauna Selvatica, di cui alla legge 11 febbraio 1992, n. 157 e successive modificazioni, e dell'Istituto Centrale per la Ricerca scientifica e tecnologica Applicata al Mare, di cui all'articolo 1-bis del decreto-legge 4 dicembre 1993, n. 496, convertito in legge, con modificazioni, dall'articolo 1, comma 1, della legge 21 gennaio 1994, n. 61.

L'ISPRA è persona giuridica di diritto pubblico dotata di autonomia tecnico-scientifica, di ricerca, organizzativa, finanziaria, gestionale, patrimoniale e contabile, sottoposta alla vigilanza del Ministero dell'ambiente e della tutela del territorio e del mare.

La rete ISPRA-ARPA/APPA costituisce un esempio di Sistema federativo che, con circa 10.000 addetti, coniuga conoscenza diretta del territorio e dei problemi ambientali locali con le politiche nazionali di prevenzione e protezione dell'ambiente, così da diventare punto di riferimento, tanto istituzionale  quanto tecnico-scientifico, per l'intero Paese.

L'ISPRA, nel rispetto delle realtà territoriali, garantisce la coesione del Sistema favorendone lo sviluppo omogeneo su temi di cooperazione e collaborazione. Fin dall'istituzione delle prime Agenzie regionali è, infatti, emersa l'esigenza di creare degli spazi di confronto, discussione e condivisione, al fine di promuoverne uno sviluppo coordinato.

Il D.M. 21 maggio 2010, n. 123, recante le norme concernenti la fusione dell'APAT, dell'INFS e dell'ICRAM nell'ISPRA, dispone, tra l'altro, che al fine di promuovere lo sviluppo del sistema nazionale delle Agenzie e dei controlli in materia ambientale, coordinato dall'ISPRA, presso quest'ultimo opera il Consiglio Federale (CF), confermando quanto disposto dall'art.38 del D.lgs. 300/1999.

Il CF, presieduto dal Presidente dell'ISPRA, è composto dal Direttore Generale dell'ISPRA e dai Direttori Generali delle ARPA-APPA, ed ha il compito di promuovere lo sviluppo coordinato del Sistema Nazionale per la Protezione dell'Ambiente (SNPA). In tale ottica il CF formula e attua programmi pluriennali delle proprie attività, articolati in piani annuali; adotta atti d'indirizzo e raccomandazioni; sollecita e propone soluzioni alle comuni criticità emerse, per un migliore funzionamento del Sistema. Sul piano tecnico, il CF può avvalersi dell'attività istruttoria del Comitato Tecnico Permanente (CTP), organo collegiale composto dai livelli apicali di responsabilità tecnico-scientifica del SNPA, rispetto al quale formula gli indirizzi per la programmazione, il monitoraggio e la verifica delle attività.  

Il CTP, svolge funzioni di istruttoria, sul piano tecnico-operativo, per la programmazione, l'attuazione ed il controllo delle attività di Sistema, da sottoporre a valutazione e approvazione del CF. 

Il Consiglio Federale approva direttive (linee guida, guide tecniche, manuali), raccomandazioni e ogni altro documento utile a perseguire lo sviluppo coordinato del Sistema agenziale, finalizzato a garantire convergenza nelle strategie operative e omogeneità nelle modalità di esercizio dei compiti istituzionali delle Agenzie e di ISPRA. Tali documenti nel rappresentare l'esito delle attività dei gruppi di lavoro interagenziali e delle reti dei riferimenti/referenti agenziali, costituiscono, riferimento tecnico-scientifico per l'intero Sistema nazionale ISPRA-ARPA/APPA.

Con la Legge 28 giugno 2016, n.132 è stato, tra l'altro, istituito il Sistema nazionale a rete per la protezione dell'ambiente, denominato "Sistema nazionale", al fine di assicurare omogeneità ed efficacia all'esercizio dell'azione conoscitiva e di controllo pubblico della qualità dell'ambiente a supporto delle politiche di sostenibilità ambientale e di prevenzione sanitaria a tutela della salute pubblica, del quale fanno parte l'Istituto superioreper la protezione e la ricerca ambientale (ISPRA) e le agenzie regionali e delle province autonome di Trento e di Bolzano per la protezione dell'ambiente. Il Sistema nazionale concorre al perseguimento degli obiettivi dello sviluppo sostenibile, della riduzione del consumo di suolo, della salvaguardia e della promozione della qualità dell'ambiente e della tutela delle risorse naturali e della piena realizzazione del principio «chi inquina paga», anche in relazione agli obiettivi nazionali e regionali di promozione della salute umana, mediante lo svolgimento delle attività tecnico-scientifiche di cui alla presente legge.

A seguito dell'entrata in vigore della Legge 132/2016, le funzioni di indirizzo e di coordinamento tecnico dell'ISPRA, fatte salve le competenze delle regioni e delle province autonome di Trento e di Bolzano, sono finalizzate a rendere omogenee, sotto il profilo tecnico, le attività del Sistema nazionale e sono svolte con il contributo e la partecipazione di tutte le componenti del Sistema medesimo, nell'ambito del Consiglio del Sistema nazionale, che sostituisce il Consiglio Federale, ed è presieduto dal presidente dell'ISPRA e composto dai legali rappresentanti delle agenzie, i quali eleggono fra loro un vice presidente, e dal direttore generale dell'ISPRA. Il Consiglio promuove e indirizza lo sviluppo coordinato delle attività del Sistema nazionale, anche in una logica di sinergica collaborazione tra le regioni e le Province autonome di Trento e di Bolzano.

Seminario interno dell'ISPRA del 23/2/2015 

"Le nuove attività del Sistema Nazionale per la Protezione dell'Ambiente e i tavoli ISPRA"